Los primeros asentamientos humanos conocidos en nuestra localidad se encontraron en los alrededores de lo que hoy es el polígono industrial de Villafranca. Varios mosaicos, dolias (grandes vasijas), cerámicas y enseres atestiguan la existencia de una villa agrícola romana del siglo II que se va reformando con el paso del tiempo, presentando un aspecto más lujoso a fines del siglo III y comienzos del IV. En las excavaciones (1970), dirigidas por María Ángeles Mezquíriz, se rescataron tres mosaicos de importantes dimensiones en aceptable estado, que se encuentran expuestos en el Museo de Navarra. Con anterioridad, se habían descubierto también tumbas paleocristianas y muestras de cerámica Hispánica tipo terra sigilata, objetos catalogados por la Institución Príncipe de Viana.
A partir del siglo XI, los restos arqueológicos y las fuentes documentales constatan claramente el origen del segundo y definitivo asentamiento de nuestros antepasados. Con población nueva o trasladada desde la zona romana, se crea (en el cerro existente en donde hoy está el mirador del Castillo) una fortificación que irá evolucionando con el paso de los siglos, pasando a ser una torre o incluso un pequeño castillo. Estas fortalezas sirven de defensa a lo largo del tiempo en las diferentes batallas o escaramuzas entre navarros, árabes, castellanos y aragoneses. A comienzos del siglo XVI, con la conquista de Navarra por Castilla, será derribada como tantas otras construcciones defensivas dando paso, en el mismo lugar y reutilizando parte del material, a la edificación de la basílica del Castellar.
Desde sus inicios, nuestra villa será conocida y citada con distintas variantes del término Alesués (siglos XI-XIII: Alasuas, Alasves, Alesos…) que posteriormente derivará en Alesves. Después, en el XIII empieza utilizarse la denominación de Villafranca debido a los fueros que le habían sido concedidos por Sancho VI El Sabio. Una “villa franca”, es decir, una localidad con una serie de derechos, exenciones fiscales u otro tipo de privilegios. Así pues, durante un tiempo, fue nombrada como “Villafranca, la anteriormente conocida como Alesves…”. En esta época, aparece el águila que llega hasta nuestros días como sello o escudo de la villa. Otros documentos de la Cámara de Comptos, durante el siglo XIV, la nombran como Villa Franqua, denominación que se alterna con Ville Franch; siendo finalmente en el siglo siguiente, cuando Villafranca (XV) acabe siendo la designación que se mantenga hasta la actualidad.
También a fines de dicho siglo, reunidos en la primera Iglesia de Santa Eufemia, se unificarán los dos concejos que representaban a dos núcleos de población existentes: los hidalgos y los francos. Los primeros poseían títulos nobiliarios y mayor raigambre en la villa. Los francos, fundamentalmente pueblo llano, no eran necesariamente franceses sino extranjeros o foráneos que habían acudido a poblarla atraídos por el señuelo de los fueros concedidos. Cada grupo había fundado una cofradía religiosa propia, los hidalgos, la Cofradía del Castellar y los segundos, la Cofradía de San Pedro y Santa Eufemia. Dichas instituciones, que acabarán uniéndose en el XVII, se harán cargo a lo largo de los siglos del Hospital Municipal.
Durante el periodo que comprende los siglos XVI y XVIII será cuando Villafranca adquiera la riqueza arquitectónica de la que se caracteriza. Se construyen entonces todos los ejemplos de arquitectura civil y religiosa, claramente representativos del Barroco navarro: Casas señoriales, Mansiones, Parroquia, Ermitas, Convento, etc. Es entonces cuando la villa se va expandiendo y las primeras calles de la zona del castillo (Mesón, Muro, Verde, Paja…) dan paso a la estructura que prácticamente llega hasta los inicios del siglo XX: Alrededor de ocho calles que emergen desde la zona antigua y que son atravesadas por varios cruceros (Crucero Ancho, Crucero Angosto y Crucero del Portal) y que serán delimitadas, con el paso el ferrocarril, a fines del XIX.
En la primera mitad del siglo XX, la expansión urbana gira en torno a la vía férrea, se construye la carretera y en los años 50 (en dos tandas) se crean las casas baratas. Y así se llega a la actualidad, en la que la zona del pueblo se ha expandido por el sur y sobre todo por el norte (Polideportivo-Estación), mientras que la zona de las casas baratas ha crecido principalmente acercándose al campo de fútbol del Palomar.
